以下のやり方でまったく問題なかったです。（バージョンはThunderbird 2.0.0.21）
メール文章、アドレスデータ、アカウントの設定、フィルタ等すべて引き継がれます。

1. Thunderbird を停止した状態で、旧PC（Windows XP） の
　　C:\Documents and Settings\<ユーザ名>\Application Data\Thunderbird で
　　Thunderbird デレクトリを(リムーバブルドライブなどに)コピー。

2. Vista の方の C:\Users\<ユーザ名>\AppData\Roaming\Mozilla\Thunderbird の
　　Thunderbird デレクトリと旧PCからコピーした Thunderbird デレクトリを差し替えます。
　　こちらもThunderbird を停止した状態で行って下さい。

3. Vista の方の Thunderbird を起動します。

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