というか、今まで入れてたアプリケーションがまだvistaに対応してないっていうのが大半の理由かな。
もし、これから乗り換えようとしている方がいたら以下参考にしてください。

• プリンターが使えなくなるかも
• ituneとipodが使えなくなるかも
• 今までサクサク見れた動画が遅くなるかも
• エラーのアラートが結構しつこい
• thunderbirdを既定のメーラーにしますか？はい。thunderbirdを既定のメーラーにしますか？はい。thunderbirdを既定のメーラーにしますか？はい。以下エンドレス

プリンターが使えない

これはメーカーのドライバがvistにまだ対応できてないから。
プリンターが使えないだけでPCの存在意味が3割減退

ituneとipodが使えなくなるかも

itunestoreで音楽を買ったファイルを再生しようとすると認証画面が出ます。ま、これは新しくOSを入れ替えたから当然ですけど。ただ、認証手続きを取っても再び認証画面が出るだけでちっとも再生できない。ひとまずituneを最新にしたらなんとか再生できるようになった。

今までサクサク見れた動画が遅くなるかも

自分のマシンだとquicktimeムービーの立ち上がりが激おそ。解決策、まだなし。

エラーのアラートが結構しつこい

vistaに対応していないドライバがあると動かないよーっていうアラートが出ます。

するとこんな画面が出ます。オンラインで探しても見つからないのでキャンセルを押します

上のアラートが再び出て、また詳細が出て、キャンセル押して、それを7回やるとやっと消えます。

thunderbirdを既定のメーラーにしますか？はい。

はい。「このダイアログを再び表示しない」にチェック。

チェックいれても起動するたびに出てきたり。

あと、office2007に入ってるIME2007は漢字変換が著しくできなくなるので注意。
以下で対処できましたが、なんでこんな事しなきゃならんのだ。
http://support.microsoft.com/default.aspx/kb/932102/ja

上記リンクは以下のブログのコメントから見つけました。助かった（汗
http://munepi.cocolog-nifty.com/blog/2007/01/ime2007_a23a.html